چالشها و مشکلات عمده نظام ارجاع عبارتند از:
1.لیستهای انتظار طولانی مدت مراجعان
2.افزایش خودارجاعی در جامعه
3.تلف شدن وقت برای رفتن از پزشک عمومی به پزشک متخصص
4.عدم تدوین ایین نامه های دقیق اجرا در نظام ارجاع